《轩辕剑三：云和山的彼端》
上市时间：1999年
这是轩辕剑系列中最具意义的一款，勿庸置疑，《云和山的彼端》不但把轩辕剑系列推向顶峰也为国产游戏打了一剂强心针，使玩家看到了国产游戏的希望。轩辕剑游戏系列自此正式成为和仙剑系列抗衡的大宇双剑其一。游戏使用了全新的Windows的引擎，无论是画面还是声音，都大为改观，这一引擎后来也被大宇公司的多款其它游戏所采用。《轩辕剑三》游戏前期在欧洲、中东部分剧情丰富饱满，相对后期中国部分剧情过少，直线也几乎没有，使得剧情给人虎头蛇尾的感觉。在众多玩家增强中国部分的强烈的呼声中，2000年春节期间，DOMO小组推出了一个容量7MB资料片形式的“《轩辕剑三》新春贺礼更新版”供玩家下载，增加了中国部分支线剧情和打完最终魔头蚩尤后还会出现魔头牛魔王。这可以说给《轩辕剑三》划上了完美的句号。
《轩辕剑三外传：天之痕》
上市时间：2000年
《天之痕》是轩辕剑系列中知名度最高的一作，无论是游戏性画面剧情的把握上《天之痕》都游刃有余。除了主题上不像过往那样沉重严肃外，更多是游戏整体所表现的素质（如画面，音乐，战斗等方面），天之痕的水墨画风表现也是轩辕剑系列历代中，中国味道最浓的一作。虽然《天之痕》的主题是关于情爱，但三位主角之间的感情更侧重于同伴之间的友谊，更显一种古典含蓄的美。《天之痕》的另一个亮点是成功塑造了宇文拓这个人物。由于广大玩家对他的喜爱，他不但多次成为票选最受欢迎历代男主角第一（虽然他并不是男主角），也成为台湾玩家COSPLAY的热门人选。《天之痕》也是轩辕剑系列采用2D游戏界面的最后一个作品。
《轩辕剑四：黑龙舞兮云飞扬》
上市时间：2002年
《轩辕剑4》回归春秋战国，剧情上与枫之舞对应，对于从枫之舞开始的老玩家来说，算是莫大的感动。从这款作品开始，轩辕剑系列全面采用3D画面，但是由于3D化，导致轩辕剑特色之一的水墨风表现不明显，初期玩家评价较低。故事上，亦加入了不少幽默的小片段，但主题上还是充满轩辕剑的特色，较为严肃而富有思辨。《轩辕剑4》着眼于宏大的民族历史的背景，掀起了轩辕剑文化的高潮，由官方授权的同题材小说、漫画也都陆续出版。